La Châtellerie ducale.
Les biens de la Maison de Brancion étant après 1259 propriété des ducs de Bourgogne, la seigneurie de Brancion devint châtellenie ducale. Elle comprenait les villages de Brancion, La Chapelle-sous-Brancion, Collonges, Nogent, Martailly, Balleure, Charcubles, Chaux et Corcelles, Cussy, Dulphey, Fragnes, Royer, Mancey, Chissey, Vers, Culey, Prayes. A la tête de la châtellenie fut placé un capitaine-châtelain qui représentait le duc de Bourgogne, assisté d'un "Clerc juré de la Cour de Brancion" et d'un maître forestier, chargé de l'exploitation des bois et des étangs. Le louvetier Huguenin Plumeron, en 1376, lui présenta "les piés de devant de six loups et de sept louves qu'il avait pris".
Deux "leurriers" avec six chiens prirent dans les étangs douze loutres à la Toussaint de 1365. Les capitaines-châtelains qui se succédèrent entretinrent les bâtiments et les défenses du château qui était vers 1380 "une forteresse fort et tenable"
La prévôté de Brancion.
Dès l'origine de la féodalité, les seigneurs exercèrent eux-mêmes la justice, mais lorsque des formes plus légales succédèrent au duel judiciaire et aux épreuves de il eau et du feu, ils instituèrent des officiers connaissant les lois, qui sous le titre de prévôts, rendirent la justice en leur nom. Le prévôt de Brancion résidait à Balleure dans la maison appelée Maison de la Prévôté. Des terres, des prés, des vignes en dépendaient et formaient le fief de la Prévôté. On a retenu les noms de plusieurs prévôts de Brancion : à partir de 1259, Denizot. Au XVI siècle, jean de Digoine ; au XVIe, Edme de Jordanne ; au XVIIIe, Georges de Bauffremont puis Hugues de Saint-julien de Balleure; au XVIIII, François-Emmanuel de Naturel.
La guerre des Armagnacs et des Bourguignons.
Dans les premières années du XV siècle, et pendant plus de 25 ans, les guerres des Bourguignons et des Armagnacs allaient apporter la ruine et la désolation en Bourgogne. Brancion reçut une garnison permanente à partir de 1409. La forteresse défendue par le bâtard de Chantemerle fut gravement menacée en 1423, mais Chantemerle déjoua les desseins des Armagnacs. Nouvelles menaces en 1431, puis le traité d'Arras en 1435 mit fin à la guerre. Malgré la paix signée, le calme n'était pas revenu : les mercenaires enrôlés pendant la guerre se réunirent par bandes et, sous le nom d'Ecorcheurs, pillèrent la Bourgogne en 1443, le bâtard de Chantemerle prévient l'administration ducale à Dijon que " par plusieurs années jà passées infertiles et dangereuses ", certains villages de la châtellenie entre autre Charcubles, avaient été abandonnés. Enfin, l'Ecorcherie se termina l'année suivante et la prospérité revint peu à peu. En 1476, le Duc de Bourgogne Charles le Téméraire mourait devant Nancy. Louis XI réunissait le duché de Bourgogne à la couronne de France, et de ce fait, la châtellenie ducale de Brancion devenait châtellerie royale.
La Châtellerie royale.
Louis XI et Charles VIII la donnèrent à vie à des seigneurs de leur choix successivement, puis à des fermiers, et à partir de 1548 à des seigneurs engagistes : l'engagement était une convention par laquelle le roi abandonnait la jouissance d'un de ses domaines pour tenir lieu de l'intérêt de l'argent qu'on lui prêtait jusqu'à ce qu'il e premier contrat d'engagement fut souscrit par Branges, Lessard et Saint-Trivier, et par sa femme Françoise de Polignac. La châtellenie de Brancion resta dans la famille de Lugny et de la Baume-Montrevel jusqu'en 1759. Le seigneur engagiste fut ensuite René Molineau, avocat au Parlement de Dijon, auquel succédèrent Antoine Prost de Royer et le neveu de celui-ci, M. de Narboud. La Révolution de 1789 fit du château un bien national.
Les guerres de religion.
Au début de mai 1562, au cours des guerres de religion, les Huguenots avaient pillé les églises de Chalon, Mâcon et Tournus. Le clergé de Tournus s'était même réfugié à Brancion. Mais il y eut dans la région peu d'événements marquants avant 1585. A ce moment, Brancion resta en état d alerte car des opérations militaires fort compliquées eurent lieu autour du château de Cruzilles. C est alors que le 17 juin 1594, le colonel Alphonse d'Ornano, au nom du roi "voulut mettre ordre à Brancion" tenu par les Ligueurs. Ses soldats s'emparèrent du bourg le 21 juin "par le moyen de pétards et escalades" et mirent le siège devant le château, mais ils ne purent s'en rendre maîtres. Cependant, le 7 octobre 1594, un des lieutenants du colonel d'Ornano, le capitaine La Folie, s'en empara par surprise.
L'Edit de Nantes mit fin aux guerres de religion. Pendant ces années de troubles, les épidémies, la famine et divers fléaux avaient ravagé la région de Brancion. En 1573 "les trémis furent très endommagés par les chenilles que l'on excommunia du côté de Brancion".
L'année suivante, la peste décima les populations Philibert Giraud, notaire à Brancion, alla résider quelque temps à Martailly "pour raison de dangier de peste qui reignoit lors au bourg de Brancion".